Abraham Jacobi sinh tại Hartum, ngày nay thuộc Hille ở bang Nordrhein-Westfalen, Đức. Gia đình ông rất nghèo túng nên đã phải hy sinh và cố gắng rất nhiều để Jacobi theo đuổi con đường học vấn. Tốt nghiệp đại học y khoa tại Bonn năm 1851. Là một người khao khát dân chủ và luôn lên tiếng đấu tranh chống lại những bất công ngay từ khi còn là sinh viên. Không bao lâu sau khi tốt nghiệp, ông tham gia vào phong trào cách mạng vào cuối thập niên 1840 ở Đức và bị nhốt tù ở Köln và Minden trong 2 năm. Trốn thoát khỏi nhà tù năm 1853, Jacobi đi sang Anh Quốc ở đây chỉ trong một thời gian ngắn. Theo lời khuyên của bạn ông, Carl Schurtz, là người cũng đã tham gia tích cực vào các hoạt động cách mạng, Jacobi rời Anh Quốc để đến New York vào năm 1853.

Abraham Jacobi có một cuộc sống riêng tư không phải suôn sẻ. Hai người vợ đầu của ông đều bị chết khi sinh nở. Người vợ thứ ba của ông, Mary Putnam Jacobi, sinh cho ông một con trai và một người con gái. Bất hạnh là người con trai cũng bị chết năm 7 tuổi vì bệnh bạch hầu (điều đáng nói là Jacobi đã có những công trình rất quan trọng về chứng bệnh nguy hiểm này). Mary Putnam Jacobi cũng là một thầy thuốc nổi tiếng đương thời. Bà là một nhà văn, một nhà lâm sàng và một người đấu tranh không mệt mỏi cho quyền lợi của phụ nữ trong y khoa. Tốt nghiệp bác sĩ ở Trường Y khoa Pennsylvania năm 1864 và tốt nghiệp y khoa tại Trường Y Khoa L'École de Médecine, Paris Pháp năm 1871. Bà là sinh viên nữ đầu tiên của trường y khoa này. Bà cũng là thành viên nữ đầu tiên của Viện Hàn lâm Y học New York (New York Academy of Medicine).